En el año 2002 el gobierno nacional destinó una partida presupuestal para la implementación de Sistemas Integrados de Transporte Masivo en las principales ciudades del país, las ciudades que se tuvieron en consideración, fueron aquellas con una población mayor o igual a 500.000 habitantes, con zonas metropolitanas en desarrollo y con proyecciones de alto crecimiento demográfico; las áreas seleccionadas, fueron:
Barranquilla (Transmetro). 
Cartagena (Transcaribe). 
Bucaramanga (Metrolínea). 
Cúcuta (Metrobús). 
Valle de Aburrá-Medellín (Metroplús). 
Área Metropolitana de Pereira (Megabús) 
Bogotá-Soacha (TransMilenio). 
Cali (MIO-Metrocali)
Estas ciudades debían completar un proceso donde se demostrara la factibilidad del proyecto, su mantenibilidad en el corto y largo plazo y realizar cronogramas de ejecución, el primero de estos proyectos en concluirse fue el de la ciudad de Pereira, del cual se entregó el primer tramo (la ruta troncal 3) el 21 de agosto de 2006, las otras dos rutas troncales iniciaron su funcionamiento el 22 de octubre del mismo año.
Una serie de rutas alimentadoras se encargan de transportar a los pasajeros desde los barrios periféricos hasta los intercambiadores, en los cuales se hace el transbordo a los buses articulados, los cuales transitan a partir de estos intercambiadores, por carriles especiales (concreto hidráulico), los buses se detienen en cada estación y permanecen en ellas por un lapso de 15 segundos en promedio, tardan en llegar al centro, desde el intercambiador temporal de cuba hasta la estación de la calle 13, 23 minutos; desde el intercambiador CAM DQS hasta la estación Central K6 CL 20, 12 minutos. Desde el intercambiador de cuba hasta el CAM DQS por la ruta troncal 1, a través de la Av. 30 de Agosto, el tiempo de recorrido es de 55 minutos.
A partir de mediados del mes de septiembre del mismo año se permitió incrementar la velocidad media de los buses articulados, para terminar el ciclo de recorrido (Cuba-Centro-Cuba) en 40 minutos.

El mandatario de los colombianos inauguró el Intercambiador Subterráneo del Sistema de Transporte Masivo Megabús de Pereira, conformado por seis bahías para los buses articulados y 12 para los alimentadores, y puntos de venta internos de ‘mega-tarjetas’ (pasajes). El jefe de Estado invitó al sector privado de la ciudad a sumarse a proyectos similares asociados al sistema de transporte masivo.

Al inaugurar el Intercambiador Subterráneo del Sistema de Transporte Masivo Megabús de Pereira, en agosto del 2008, el presidente Álvaro Uribe Vélez indicó que “esta es una obra de inversión, una obra que genera competitividad, que es uno de los presupuestos y de los resultados de la inversión”, y contribuyen a mejorar la calidad de vida urbana.

También indicó que obras como el Intercambiador, ubicado en el sector de Cuba de la capital de Risaralda, generan calidad de vida urbana, necesaria para la competitividad, para la inversión y para la cohesión social.

Tras resaltar los beneficios que traerá para la ciudad

esta obra, el mandatario invitó al sector privado a que se vincule al desarrollo de otros proyectos similares asociados al Megabús, como la plazoleta, y a que contribuyan en la construcción del Terminal de Dosquebradas.

“Hay que pensar en el desarrollo de la plaza, aquí, a nivel de superficies. Estos proyectos vienen invitando al sector privado. Ya nosotros vemos que una estación grande de Cali la está haciendo el sector privado, porque se dio cuenta que esos sistemas de transporte masivo convocan mucha ciudadanía. Entonces, estas obras se pueden explotar comercialmente por parte del sector privado”, dijo el presidente Uribe.

Señaló que la rentabilidad del negocio inmobiliario derivado de las obras asociadas a los sistemas de transporte masivo también podría ser atractivo para los transportadores, por lo que extendió la invitación a este sector.
“Que los transportadores no piensen solamente en los buses, sino que también piensen en el negocio inmobiliario, que está vinculado al sistema de transporte masivo. Esa sería mi solicitud”, dijo el Presidente Uribe.
Durante su intervención, también se refirió a la urgencia de emprender grandes obras de infraestructura para un país como Colombia, que tiene tantas dificultades, y agregó que, por lo mismo, los gobiernos no se pueden quedar en el aplauso de una inauguración.
“Los gobiernos tienen 24 horas de sufrimiento y 5 minutos de dicha. La inauguración de una obra de estas no puede durar más de 5 minutos, porque hay que seguir sufriendo para hacer las otras en un país que tiene tantas necesidades”, argumentó.
Finalmente, expresó su gratitud al pueblo risaraldense: “Si el gobierno nacional se gastara el ciento por ciento del presupuesto para apoyar a Pereira, todavía yo no lograría agradecer el apoyo que Pereira y Risaralda me ha dado”.
La construcción del Intercambiador Subterránero generó mil empleos y tuvo una inversión de 25 mil 600 millones de pesos. La infraestructura está conformada por seis bahías para los buses articulados y 12 para los alimentadores, así como puntos de venta internos de ‘mega-tarjetas’ (pasajes).